为了建设成为现代化教学科研医院和清华医学发展的临床基地，最终成为一家具有800张床位的三甲医院的战略目标，2003年下半年以来，医院开始按三级医院的标准及建立重点学科的需要进行逐步改造。投入资金添置更新医疗设备，重点建设放射科、手术室、急诊和ICU等基础科室，包括新安装更新的磁共振、16排螺旋CT、CR等。采用医院污水全密闭处理系统。完成医院食堂的装修发行工程。后勤工作逐步向社会化推进。加强建设有突出特色的临床科室，重点发展神经、妇产、创伤三个临床医学中心，在医学领域不断开创自己的特色，带动全院的医疗发展。
神经中心：由著名的神经外科专家、教授、博导，显微血管减压术治疗三叉神经痛、面肌痉挛国内创始人左焕琮主任医师挂帅，汇集一批高学历、临床经验丰富的医师，开展脑肿瘤、脑血管疾病、脊髓疾病、三叉神经痛、面肌痉挛、癫痫、帕金森氏病、脑瘫后遗症等疑难疾病诊疗。首期建设以100张病床规模为目标，力争尽快成为国内培训神经中心的重要教学基地。
　　妇产中心：由我国著名的妇产科专家、原卫生部副部长、中华医学会常务副会长、中华妇产学会主任委员曹泽毅教授挂帅，组建妇产科专家团队，并与国外院校进行广泛合作。医院妇产中心将专用一栋7层楼的建筑，有独立的门诊、手术室、实验室及70张病床。3-5年后将扩展成拥有150张病床、以妇科肿瘤及产科为特色，具有一流水平的现代化妇产医院。

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